Bermula dengan pelayanan anak dari Gereja Alkitab Presbyterian Protestan Indonesia (GAPPI) Calvary Hanura Permai di tahun 2005 yang terletak di Kompleks Hanura Permai U5 Kubu Raya, yang kemudian pindah ke tempat baru yang lebih luas di Jalan Adi Sucipto KM 11,5 Kubu Raya (yang kemudian menjadi GAPPI Calvary Kubu Raya) pada bulan September 2016 di mana pelayanan anak mingguan yang dinamakan CMC (Calvary Missions for Children) dan Les Bahasa Inggris gratis berkembang pesat dan tersedianya sarana kelas-kelas yang lengkap maka para hamba TUHAN GAPPI Calvary Kubu Raya merasakan pimpinan TUHAN untuk membuka sebuah sekolah Kristen yang bertujuan untuk menjangkau lebih banyak anak supaya mendengar Injil Yesus Kristus.
Melalui doa dan pergumulan selama beberapa tahun akhirnya diputuskan bahwa pelayanan sekolah akan dimulai dari jenjang TK dan ditetapkanlah nama yang dipakai adalah TK Kristen Calvary. Nama “Calvary” diambil sesuai dengan nama GAPPI Calvary Kubu Raya karena sekolah ini adalah merupakan bagian dari pelayanan GAPPI Calvary Kubu Raya. Calvary adalah sebuah kata dalam Bahasa Latin yang berarti Tempat Tengkorak yaitu tempat dimana Yesus Kristus disalibkan. Kata ini di dalam Bahasa Ibraninya disebut Golgota (גֻּלְגֹּלֶת). Kata “Kristen” sangat penting dimasukkan ke dalam nama sekolah ini karena itu akan menjadi identitas bahwa sekolah ini mendasarkan seluruh pengajarannya pada nilai-nilai Kekristenan yang ada di Alkitab. Pada saat yang sama juga ditetapkan bahwa program TK Kristen Calvary adalah bilingual yaitu mengajar dalam Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris.
Perumusan visi, misi, tujuan, motto dan pembentukan organisai sekolah dilakukan secara bersama oleh GI Ajin Thu, Pipit Margareta Jong, Elisabet dan Stefanie pada rapat perdana yaitu pada tanggal 13 Oktober 2017 di Kantor GAPPI Calvary Kubu Raya. Motto TK Kristen Calvary ditetapkan sebagai 3T (Taat, Terdidik, Teladan) diambil dari 5T (Taat, Tekun, Terdidik, Taahan Uji, Teladan) Motto GAPPI Calvary Kubu Raya. Pada hari yang sama, disepakati bahwa TK Kristen Calvary adalah lembaga yang akan melayani bersama dengan GAPPI Calvary Kubu Raya melalui pendidikan, dengan susunan organisasi: GI Ajin Thu selaku Penasehat, Pipit Margareta Jong selaku Kepala TK, Elisabet dan Stefanie sebagai guru dan Stefanie sebagai administrator.
Logo TK Kristen Calvary dirancang oleh Elizabeth Elson pada tanggal 28 November 2017. Logo ini mengadopsi logo GAPPI Calvary Kubu Raya dimana di dalam logo terdapat 3 buah salib dengan salib tengah berwarna merah (salib TUHAN Yesus Kristus) dan salib kanan dan salib kiri berwarna putih. Warna dasar logo berwarna biru tua. Logo ini kemudian ditetapkan sebagai logo untuk Sekolah Kristen Calvary. Spanduk, brosur dan cover buku TK Kristen Calvarry dirancang oleh Zakharia Suhartono pada bulan Desember 2017. Dengan warna dasar logo yang didominasi dengan warna biru tua itu maka Kepala TK Kristen Calvary memilih seragam TK Kristen Calvary dengan corak kotak-kotak berwarna biru sebagai seragam khas ditambah seragam batik berwarna biru tua dan baju olah raga berwarna biru juga.
Dengan penuh iman dan komitmen penuh kepada Allah Tritunggal, TK Kristen Calvary memulai tahun ajaran 2018/2019 di kelas-kelas ber-AC dari GAPPI Calvary Kubu Raya di Jalan Adi Sucipto KM 11,5 Kubu Raya. Tepatnya pada tanggal 16 Juli 2018 proses belajar-mengajar dimulai dengan 7 murid yaitu 6 murid di TK B dan 1 murid di TK A. Tuhan kemudian menambahkan seorang murid baru di TK A pada tanggal 12 November 2018 sehingga di tahun pertama TK Kristen Calvary memiliki total 8 murid. Pada tanggal 10 Maret 2019, Kepala TK mengarang sebuah syair lagu yang berjudul “Taat, Terdidik, Teladan” yang melodinya menggunakan melodi dari lagu “Saat Ia Kembali/When He Cometh” yang dikarang oleh George F. Root. Lagu ini kemudian menjadi lagu mars TK Kristen Calvary yang dinyanyikan setiap pagi oleh murid-murid sebelum memulai waktu chapel di TK Kristen Calvary. Puji syukur kepada Tuhan, atas pimpinanNya, TK Kristen Calvary mengakhiri tahun pertama pembelajaran dalam sebuah acara pelepasan untuk 6 murid TK B yang dilaksanakan pada tanggal 1 Juni 2019 di Aula GAPPI Calvary Kubu Raya.
Tahun kedua, TK Kristen Calvary mengalami penambahan murid menjadi 37 murid yaitu 7 murid di PG, 13 murid di TK A dan 17 murid di TK B dengan didukung oleh 6 orang guru yaitu 2 guru di PG, 2 guru di TK A dan 2 guru di TK B. Namun sangat disayangkan, proses belajar-mengajar secara tatap muka untuk tahun ajaran 2019/2020 harus terhenti dikarenakan adanya pandemic Covid-19 yang melanda secara global. Mulai dari tanggal 16 Maret 2020, pemerintah mengarahkan agar semua sekolah untuk mengadakan Pembelajaran Jarak Jauh (PJJ) dan sejak itulah TK Kristen Calvary memulai pembelajaran dengan menggunakan video, panggilan video dan YouTube.
Untuk melanjutkan panggilan mendidik dan membimbing anak di lembaga pendidikan Kristen dan karena adanya banyak permintaan para orang tua murid TK, maka pada tahun ketiga TK Kristen Calvary, dimulai juga SD Kristen Calvary pada tanggal 13 Juli 2020. Dikarenakan pandemi covid-19 yang masih terus melanda maka tahun ajaran 2020/2021 tetap dilakukan dengan PJJ dengan 23 murid di TK Kristen Calvary dan 11 murid di SD Kristen Calvary. Elisabet ditunjuk menjadi Kepala SD Kristen Calvary dengan didukung oleh 4 hamba Tuhan dari GAPPI Calvary Kubu Raya sebagai guru di bidang rohani dan 1 guru luar sebagai guru Mandarin. SD Kristen Calvary juga menggunakan lagu “Taat, Terdidik, Teladan” sebagai lagu mars, namun pada tanggal 18 Juli 2020 Gembala Sidang GAPPI Calvary Kubu Raya yang juga adalah Guru Alkitab Mandarin SD Kristen Calvary, menganti kata “TK’ di lagu itu menjadi kata “SD” dan kemudian dinyanyikan secara bersama-sama oleh semua guru SD untuk semua murid SD melalui video. SD Kristen Calvary menggunakan program belajar trilingual yaitu Bahasa Indonesia, Bahasa Inggris dan Bahasa Mandarin. Keunikan dari SD Kristen Calvary adalah murid-murid selain diajar dengan kurikulum nasional, mereka juga diajar dalam pelajaran-pelajaran seperti English Bible dan Alkitab Mandarin.
Sekolah Kristen Calvary pertama kali memiliki website sekolahkristencalvary.sch.id pada tanggal 22 Januari 2021. Pada tanggal 25 Januari 2021, SD Kristen Calvary memulai pemberian kelas tambahan secara tatap muka singkat untuk murid-murid yang diizinkan oleh orang tua mereka. Untuk meningkatkan proses Pembelajaran Jarak Jauh, Sekolah Kristen Calvary memulai pembelajaran dengan menggunakan Microsoft Teams pada bulan Februari 2021 sampai pemerintah mengizinkan untuk melakukan pembelajarn secara tatap muka.